中心建立了有效的运行机制和管理机构，进行规范化、精细化、人性化的管理与服务，确保实验教学有序、高效地开展。

　　第一，中心建立了由教学副校长任主任的实验教学指导委员会，负责中心统筹规划和指导决策。应用文理学院负责中心主体运行的技术支持和基础保障。

　　第二，中心由主任总负责，承担中心建设、教学、管理等业务工作。中心负责实验室建设，对各教学单位进行协调，对实验教学质量进行监督、控制，对学院路校区中心主体区实验设备实行集中管理、统一调配。组织实验教学环境建设项目的整体论证，以及仪器设备的购置、建设和管理工作。负责创新与创业、多媒体技术应用、电子政务等基础平台实验室的建设规划、课程开设、实验教材建设等工作。

　　第三，中心各专业实验室主任具体负责本专业实验室的建设规划、实验教材和实验内容以及相关资料的建设工作。

　　第四，中心由专职实验管理和实验技术人员以及专兼职实验指导教师这两大部分人员组成。专职实验管理和实验技术人员主要负责中心的日常工作，包括中心实验室的建设、实验设备的日常管理与维护、实验教学的准备与安排、实验文档资料的管理等工作；专兼职实验指导教师主要负责实验教学的实施，实验教材的撰写，实验教学内容、手段与方法的实施等工作。